宋代之前，关于澎湖岛的记载非常之少。从宋代开始，澎湖岛上就有来自福建泉州的移民。对于澎湖的从属，宋元明三代史书都有记载。
南宋赵汝适所撰之《诸蕃志》中记载到：“泉有海岛曰彭湖，隶晋江县。”元代《岛夷志略》：“（澎湖）地隶泉州晋江县，至元年间，立巡检司。”《明史》记载：“晋江倚。。。东南滨海，有盐场。海中有彭湖屿。"
由于澎湖主要的汉族移民大多来自福建泉州，在宋元间，澎湖一直属于于福建泉州晋江县，中原王朝对于澎湖地区也保持着有效的控制。南宋乾道七年（1171年）汪大猷任泉州知州时，”毗舍邪尝掠海滨居民“，于是在澎湖建房两百间并派遣军民屯戍。元至元十八年（1281年），“蒙元世祖远征日本因风失败，迂回台湾，道经澎湖设治澎湖，企图进取台湾，作为征日本之准备”。
澎湖巡检司的官职在明朝被继承，但在洪武二十年（1387年），明朝下令福建沿海“墟地徙民”，包括澎湖诸岛在内的海岛居民被迁入内陆地区，澎湖巡检司亦被废除。至此明朝失去了对澎湖的有效控制，澎湖成为了海盗流寇（包括倭寇）的居住所。顾亭林的《天下郡国利病书》记载道：
彭湖一岛，在漳、泉远洋之外，邻界东番[即台湾]，顺风乘潮自料罗开船，二昼夜始至。山形平衍东南约十五里，南北约二十里，周围小屿颇多。……明朝徙其民而虚[通「墟」]其地，自是尝为盗贼假息渊薮，倭奴往来停泊取水必经之要害。澎湖岛先后在万历三十二年和天启二年被荷兰人占领，而后又被明朝水师驱逐，最终奔向台湾南部建立殖民地。而澎湖又在明代末期落入郑芝龙之手，其子郑成功攻克荷兰要塞之后，标志着澎湖的管辖权从福建转移到了台湾。中原王朝再次失去对澎湖的有效统治，直到清廷在台湾建府为止。
注意的是，澎湖诸岛的管辖并不代表对于台湾岛的管辖。因为在宋史元史中所记的与澎湖烟火相望的“流求国”是被明确地编入了外国传中。台湾岛在隋至元代被称为流求或琉求，在明代又被称为东藩，北港，大员，鸡笼山，直到明代末年才开始被称为台湾，而清代的琉球国则指今天的冲绳群岛，与明代之前所记载的流求国是两个不同地区的政权。
台湾岛上很早就有土著居民居住。宋史记载了两个在台湾岛的土著政权：流求国和毗舍耶国。其中的毗舍耶人与汉人“语言不通，商贩不及”，并且时常劫掠澎湖与福建沿海地区。而汉人直到荷兰殖民和明郑时期才开始有规模移民台湾。明史外国列传所记之鸡笼山，与琉球（今日本冲绳），吕宋（今菲律宾）同篇，可见明朝并没有把台湾岛纳入统治版图中。
台湾的外来政权始于荷兰东印度公司殖民统治，期间西班牙也在基隆地区有过短暂殖民历史，直至1662年郑成功“收复”台湾，台湾才第一次有了汉人政权。中原王朝真正对台湾的统治始于康熙二十二年（1683年），而台湾土著政权大肚王国经过荷西殖民，明郑盘踞，清代府治，一直到雍正九年（1731年）才真正瓦解。
对比台湾岛与澎湖的历史，可以看出，尽管汉人定居澎湖的历史虽然很早，在明代便有了行政管辖，但明朝还是有长达275年的时间对于澎湖没有实际控制。而由于台湾一直有土著存在，直到施琅击败郑军水师前，中原地区并没有把台湾看作是王朝的一部分，而是当作化外蕃夷之地对待。而通过澎湖和台湾的历史，我们可以看出中原王朝是如何一步步取得这些地区的控制，从而建立起正确的历史观而非“自古以来”这种模糊不清的观念。
